(내가 기억하기 위해 간단하게 추려쓰는 인물 정리. 메인 스토리와 관련된 부분&러브라인 위주로 정리. 애니메이션 재정주행 하면서 천천히 수정할 예정/ 스포일러 있음!)
고등학생 명탐정 남도일(쿠도 신이치)은 유미란(모리 란)과 함께 놀러간 놀이공원에서 검은조직에 의해 '아포톡신 4869'라는 독약을 먹게 되지만 부작용으로 인해 어린아이로 변하게 된다.
이를 해결하기 위해 브라운 박사(아가사 박사)에게 찾아가 자신의 정체를 밝히며 다시 원래모습으로 돌아가는 약을 개발해 달라는 부탁을 하지만, 성분을 알 수 없어 불가능하다는 대답을 듣게 된다. 한편, 자신과 놀이공원에서 헤어진 후 연락이 없는 남도일(쿠도 신이치)이 걱정된 유미란(모리 란)이 남도일(쿠도 신이치)의 집을 찾아와 어린이가 된 남도일(쿠도 신이치)과 마주치게 되자 그는 자신의 이름을 코난(에도가와 코난)이라고 소개한다. 그 때, 브라운 박사(아가사 박사)는 탐정 사무소를 하고 있는 유미란(모리 란)의 집에 얹혀 살면서 '아포톡신 4869'를 먹인 검은조직에 대한 단서로 알아낼 수도 있을 것이라며 충고한다. 그 말을 들은 코난은 유미란(모리 란)의 집에서 같이 살게 된다.
한차례의 사건이 끝난 후 미란(란)이 도일(신이치)을 그리워 하며 눈물을 훔치자, 며칠 후 코난은 공중전화 부스에서 도일(신이치)의 목소리로 음성 변조해 미란(란)과 통화로 안부를 전한다.
미안해, 미란아. 꼭 원래 내 모습으로 돌아가서 네 앞에 다시 나타날게. 진짜 내 목소리 그대로. 진짜 내 모습 그대로.
크리스마스날 노래방에서 발생한 인디 밴드의 인기 보컬 기무라 타츠야의 살인사건이 일어나자, 코난은 음성 변조기를 이용해 남도일(쿠도 신이치)의 목소리로 스피커를 통해 사건을 해결한다. 그날 밤, 자신의 집 앞에서 3시간 동안 자신이 오기만을 기다리고 있는 미란(란)의 모습을 지켜보던 코난은 집 안으로 들어가 집의 모든 불을 끈 상태에서 도일(신이치)의 목소리로 미란(란)에게 안부를 전한다. 그렇게 다시 불이 켜지고, 코난은 계단 위에 미란(란)에게 줄 크리스마스 선물만을 남겨 놓은 채 모습을 감춘다.
어느날 유명한(모리 코고로)의 탐정 사무소로 한 여자가 찾아오고, 그녀는 자신을 코난의 엄마 오분순(에도가와 후미요)이라고 소개한다. 차에 올라탄 코난에게 남도일(쿠도 신이치)이라는 것을 알고 있고 그의 부모님에 대한 정보까지 모두 알고 있다고 말한다. 코난은 그렇게 감금되어버린 곳에서 수상한 여자와 그녀와 한패인 남자가 자신의 몸을 작게 만든 약을 다른 사람에게 시험해보겠다고하는 대화를 엿듣게 된다. 그들이 검은 조직과 관련된 사람이라고 생각한 코난은 감금된 집에서 탈출하여 두 사람이 거래를 하러 떠난 곳으로 뒤따라 갔지만 사실 그 둘은 남도일(쿠도 신이치)의 아버지 남건(쿠도 유사쿠)과 어머니 이하연(쿠도 유키코)였다. 부모님은 코난을 보호하기 위해 미국에 같이 가자고 제안하지만, 코난은 이곳을 아직 떠날 생각이 없다며 단호하게 거절한다.
이건 제 사건이에요, 제가 풀거라구요! 그러니까 아버지는 가만히 계세요!
탐정 사무소로 찾아온 하인성(핫토리 헤이지)이라는 고등학생 탐정에게 감기에 특효약이라는 마실 것이 술이라는 것을 모르고 마셔버린 코난은 사건 현장에서 고열로 인해 쓰러지게 된다. 그 후 일시적으로 남도일(쿠도 신이치)의 모습으로 변하게 되어 단번에 사건을 해결하지만 곧바로 다시 코난의 모습으로 변하게 된다. 자신의 모습이 돌아간 이유가 술 때문이라는 생각이 든 코난은 다시 한번 술을 마시려고 하지만 미란(란)에게 그 모습을 걸려 압수당하게 된다.
난 탐정이잖아. 네 목소리만 들어도 난 다 알 수 있다구.
추리에 이기고 지는 게 어디있니? 위도 아래도 없는 거야. 단지, 하나 밖에 없는 진실을 찾아서 끝없이 달려가는 것 뿐이지.
유명한(모리 코고로) 탐정을 주인공으로한 게임 발표회장에서 코난은 우연히 '데킬라'라는 암호명을 가진 검은 조직 멤버와 조우하게 되지만, 폭탄이 설치된 가방이 데킬라에게 잘못 전달 되어 데킬라는 죽음을 맞이하게 된다. 데킬라와 거래를 한 회사 직원에게 얻은 정보로 검은 조직과 매번 거래를 한다던 장소로 찾아가지만 장소에 도착하자마자 폭파 사건이 일어나 검은 조직에 대한 단서는 한 가지도 찾을 수 없게된다.
- 계속 추가 예정